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ये रसायन बारिश के साथ बहकर नदियों, झीलों, और अन्य जल स्रोतों में मिल सकते हैं, जिससे जल प्रदूषण हो सकता है और जलीय जीवन को नुकसान पहुंच सकता है. इसके अलावा, हर्बिसाइड्स के उपयोग से आसपास के वन्यजीव भी प्रभावित हो सकते हैं. समय के साथ, कुछ खरपतवार हर्बिसाइड्स के प्रति प्रतिरोधी हो जाते हैं, जिससे उन्हें नियंत्रित करना और मुश्किल हो जाता है। इससे किसानों को अधिक शक्तिशाली रसायनों का उपयोग करना पड़ता है, जो धान की फसल के लिए और भी नुकसानदायक हो सकता है.
